【论文分享】Biomni-一个通用生物医学智能体的简介和安装
个人推荐指数：⭐️⭐️⭐️ Biomni 简介Biomni 是一个通用生物医学 AI Agent。它包含三个部份：智能体（A1）、环境（E1）、LLM模型（R0） 智能体（A1） 是一个基于 ReAct，不断进行 “思考 -> 行动 -> 观察” 的智能体，整体上来说比较简单，也可以纳入反思过程，但默认不进行反思。 环境（E1） 是整个 Biomni 的核心，它包括： 工具库（Tools）：覆盖 17 个生物医学子领域的专用函数，包括基因组学、药理学、免疫学、分子生物学、癌症生物学、细胞生物学、文献检索等 数据湖（Data Lake）：约 80 个预处理的生物医学数据集，涵盖蛋白质相互作用、基因表达、药物-靶点关系、基因-疾病关联、GWAS、单细胞数据、sgRNA 等 软件库（Libraries）：预装的 Python/R 包和 CLI 工具，如 scanpy、biopython、gget、lifelines 等 Know-How 知识库：最佳实践、实验协议和故障排查指南文档 LLM模型（R0） 是 Biomni 团队基于 Qwen-32B 通过强化...
【Agent】Agent Skills 介绍
今年 10 月，Anthropic 推出了 Claude Skills 能力，在 Claude 网页端、API 以及 Claude Code等产品都可以使用。Claude Skills 解决了什么问题呢？一句话来讲，Claude Skills 是一种基于文件系统的、可复用的知识包，运行在 Claude 的沙盒虚拟机（VM）环境中，用于向 Agent 注入流程化、确定性的内部知识（SOP）的标准化方案。 什么是 Claude SkillsAnthropic 官方文档给出了 Agent Skills 的定义： Agent Skills are modular capabilities that extend Claude’s functionality. Each Skill packages instructions, metadata, and optional resources (scripts, templates) that Claude uses automatically when relevant.智能体技能（Agent Skills）是一种模块化的能力，用于扩...
【旅行】2025关于新马的记忆
咳咳，今天的小编是山今。因为Timo最近比较忙，我接到他任务来写一下游记捏！（我自愿做牛马！）（啊、其实接到这个活还蛮开心的，因为真的很久没写游记了；B哥说要“好好生活”，写游记也是完善旅游、甚至人生体验的一部分呢） 嗯，所以如上所见，我的写作风格就是非常的碎碎念，想到啥写啥咯（希望Timo不要检查的太仔细x） 好了，正片开始（说了那么多废话，真的不是在凑字数） Day 1首先，感谢李志，让我们有了这次出行；其次，感谢CFP，让我和Timo的花费有了出路、也少了很多冲突（其实本来是想蹭T的房费的捏）。于是，11.13日，我们乘坐同一班次（但差了300元的）红眼航班D7331出发前往吉隆坡。凌晨在浦东机场，Timo找到群友们拍了合照，而此时的山今因为正值生理期+不习惯熬夜，i人属性大爆发x 一个人在日料店先后点了28元的鸡蛋羹和98元的乌冬面套餐，吃完后就有精神咯！ [{"url":"http://img.tianlejin.top/2025-11/memory_about_malysia/1.webp","alt":"互动游戏：找Timo","title":""},{...
【Vibe Coding】init-proj
/init-proj 命令用于初始化一个新项目，包括创建 AGENTS.md 文件和配置 虚拟环境： 123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445464748495051525354555657585960616263646566676869707172737475767778798081828384858687888990919293949596979899100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120121122123124125126127128129130131132133134135136137138---description: 初始化项目，创建 AGENTS.md 并配置虚拟环境argument-hint: ""---# 任务: 初始化项目请按照以下步骤初始化项目：**第一步: 收集项目信息**在执行任何操作之前，必须先向用户询问以下信息：1. 请用户...
【Vibe Coding】read-project
/read-project 命令用于让 coding agent 快速了解项目并总结报告给用户，适合初次了解代码仓库 1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738---description: 通过读取所有 README.md 和 AGENTS.md 文件以及近期git提交来熟悉项目开发进度---# 任务: 熟悉项目当前的开发进度你是一名新加入项目的资深工程师，你的首要任务是全面了解项目的当前状态、结构和开发进度。为了达成这个目标，请仔细阅读和理解下面提供的所有文档内容和代码变更历史。**第一部分: Agent 的能力与职责**首先，请阅读根目录下的 `AGENTS.md` 文件（如果存在），此文件包含了 **面向项目开发者** 的说明文档，以了解项目中的技术架构和代码规范等。**第二部分: 项目模块与概览**接下来，请通读项目中所有子目录及根目录下的 `README.md` 文件，此文件包含了 **面向项目使用者** 的说明文档。这将帮助你了解每个模块的具体功能以及整个项目的架构。**第三...
【Vibe Coding】auto-git
/auto-git 命令用于自动添加修改文件到工作区并提交： 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970---description: 自动执行 git add、commit 和 push，遵循标准提交规范---# 任务: 自动化 Git 提交流程请按照以下步骤执行标准的 Git 提交流程：**第一步: 检查变更和分支状态**1. 运行 `git status` 查看当前变更2. 运行 `git diff` 分析具体改动内容3. 运行 `git branch --show-current` 获取当前分支名4. 运行 `git remote show origin | grep "HEAD branch"` 或 `git symbolic-ref refs/remotes/origin/HEAD` 确定主分支名称（通常是 main 或 maste...
【Linux】使用 tmux 保存和恢复会话
动机在日常开发中，我会使用 Tmux 来管理多个终端窗口和会话。而如果服务器重启，通常需要重新手动建立会话。tmux-resurrect 和 tmux-continuum 这两个插件的组合可以让你： tmux-resurrect: 手动保存和恢复 tmux 会话 tmux-continuum: 自动保存会话，并在 tmux 启动时自动恢复 两者结合使用，可以实现真正的”无缝工作”体验——即使系统重启，你的工作环境也能完整恢复。 安装1. 安装 TPM (Tmux Plugin Manager)首先需要安装 tmux 插件管理器： 1git clone https://github.com/tmux-plugins/tpm ~/.tmux/plugins/tpm 2. 配置 ~/.tmux.conf1vi ~/.tmux.conf 在末尾添加以下配置： 123456789101112131415161718192021222324252627# 插件列表set -g @plugin 'tmux-plugins/tpm'set -g @plugin &#...
【网络与代理】使用 Tailscale 搭建虚拟局域网
什么是 TailscaleTailscale 是基于 WireGuard 协议构建的零配置 VPN 解决方案(zero-config VPN solution)。它可以： 自动建立点对点加密连接(peer-to-peer encrypted connection) 无需复杂的防火墙配置(firewall configuration) 支持 NAT 穿透(NAT traversal) 提供简单的设备管理界面 环境概览在我们的场景中： 公司 Windows 工作站：内网 IP 172.22.26.185，作为 Subnet Router 家中 Mac：通过 Tailscale 访问工作站和公司内网 iPhone：移动端访问 安装 Tailscale在 Windows 工作站上安装 访问 Tailscale 官网 下载 Windows 版本安装包 运行安装程序，按提示完成安装 首次运行时会要求登录，可以使用 Google、Microsoft 或 GitHub 账号 登录后，工作站会自动加入你的 Tailscale 网络(Tailscale network) 在 Mac 上...
【博客搭建】将博客与图床从自建 Nginx 迁移到宝塔面板的Nginx
虽然自建 Nginx 纯净高效，但为了追求可视化管理和企业级安全特性，我决定将 Web 服务迁移到 宝塔面板 Nginx！ 迁移前备份宝塔面板的 Nginx 和 Ubantu 系统 apt 安装的 Nginx 会引起冲突，因此需要先卸载系统上安装的 Nginx 。首先将所有旧的 Nginx 配置文件（/etc/nginx）打包，确保数据无失： 1234# 停止旧服务并创建备份文件sudo service nginx stopmkdir ~/nginx_confsudo cp -r /etc/nginx ~/nginx_conf/ 卸载系统 Nginx使用 purge 确保移除所有旧 Nginx 文件和配置，为宝塔环境腾出干净空间： 12sudo apt purge nginx nginx-common -ysudo apt autoremove -y 部署宝塔 Nginx 与站点创建登录宝塔面板，安装 LNMP 环境，然后创建两个站点。 由于需要维持 Cloudflare Tunnel 的自定义端口，需要在宝塔的 “添加站点” 时使用 “另加端口格式”： 站点 宝塔...
【LLM】深入理解LLM的 Chat Template
为什么需要 Chat Template?大语言模型本质上是文本续写器(text continuation model)。它们并不天然理解”对话”这个概念,只能处理纯文本。因此,我们需要一种标准化的方式来告诉模型: 哪段文本是系统提示(system prompt) 哪段文本是用户输入(user input) 哪段文本是助手回复(assistant response) 如何处理工具调用(tool calls) Chat Template 就像是对话的格式说明书,确保训练和推理时使用完全一致的格式。 Chat Template 的结构让我们看一个来自 Qwen3-4B-Instruct 模型的真实例子: 1234567{ "chat_template": "{%- if tools %}\n {{- '<|im_start|>system\\n' }}...", "eos_token": "...
【Linux】重温vim
Vim的模式系统Vim最独特的特性是其模式系统 (modal system)。理解这些模式是掌握Vim的关键： 1. 普通模式 (Normal Mode)这是Vim的默认模式，用于导航和执行命令。在这个模式下，键盘上的每个按键都是一个命令。 2. 插入模式 (Insert Mode)在这个模式下，你可以像在传统文本编辑器中一样输入文本。按 i 进入插入模式，按 Esc 返回普通模式。 3. 可视模式 (Visual Mode)用于选择文本。按 v 进入字符可视模式，V 进入行可视模式，Ctrl+v 进入块可视模式。 4. 命令模式 (Command Mode)按 : 进入命令模式，可以执行复杂的命令，如保存文件、查找替换等。 常用操作启动和退出12345vim filename # 打开文件:q # 退出:q! # 强制退出不保存:wq # 保存并退出:w # 保存文件 基本导航 命令 描述 0 移动到当前行的第1个字符 ^ 移动到当前行第一个非空白字符 $ 移动...
【旅行】2025国庆丽水
D1 - 10月4日 9:11 G7349 → 11:47到丽水 午餐：「卢银亮缙云烧饼」烧饼好吃！ hcy 开车 100km+ 到龙泉，给出大大好评👍！ 晚上去了龙泉西街，古街道依江而建，街区的氛围非常好，人不多，并且有很多的非遗元素和表演，还有网红咖啡店 MOJ，hcy 发出来自沪姐的肯定🤓 丽水 → 龙泉源底村 住宿：龙泉市区：锻造青年公寓 - ¥276/晚 [{"url":"http://img.tianlejin.top/2025-10/20251004_193938.webp","alt":"","title":""},{"url":"http://img.tianlejin.top/2025-10/20251004_194535.webp","alt":"","title":""},{"url":"http://img.tianlejin.top/2025-10/20251004_200605.webp","alt":"","title":""},{"url":"http://img.tianlejin.top/2025-10/202510...
【Linux】重温tmux
tmux是我在大四时接触到的终端复用工具，之前一直都是那几个新建/切换窗格的操作，最近折腾gemini被迫又学了几个，在此记录一下 tmux配置文件1vim ~/.tmux.conf 输入以下配置： 123456789101112# 启用 256 色支持set -g default-terminal "screen-256color"# 添加 True Color (24-bit color) 支持# 这会告诉 tmux，对于像 xterm-256color 这样的终端，请启用 Tc (True Color) 能力set-option -ga terminal-overrides ",xterm-256color:Tc"# mouse mode# 用鼠标点击来切换并激活不同的窗格 (pane)。# 用鼠标滚轮来上下滚动当前窗格内的内容（就像在普通的终端里一样）。# 用鼠标拖动窗格的边框来调整它们的大小。set -g mouse on 在tmux任意窗格中： 1tmux source-file ~/.tmux.conf 即可启用...
【网络与代理】Linux Clash 安装与配置
使用Gemini CLI必须要服务器有外网环境，这也是我一直想搞的，开整！Github上找了个开源项目：https://github.com/nelvko/clash-for-linux-install 下载项目12git clone --branch master --depth 1 https://gh-proxy.com/https://github.com/nelvko/clash-for-linux-install.gitcd clash-for-linux-install 修改默认配置文件 复制Mac中的配置文件到resources/config.yaml文件 Mac的文件地址为/Users/tianlejin/.config/clash/阿里加速器.yaml 1vi resources/config.yaml 安装1sudo bash install.sh 要求输入订阅，订阅获得方法如下： 订阅地址形如：http://14.33.74.21:2668/api/v1/client/subscribe?token=e82240589dc3&bu...
【AI工具】Vibe Coding方案总结
最近尝试了很多 AI 工具进行 vibe coding，这几天折腾了Cursor、Claude Code，Claude Code Router，Cline，Gemini CLI，Github Copilot，Cherry Studio。感觉折腾还挺浪费时间的，其实用下来应该都能满足我现在的使用场景。在此做个总结！ Cursor当我第一次在B站上看到这个工具的介绍时，简直惊为天人，感觉自己有了这玩意儿已经无敌了。前期一直在用这个，换了三个号各白嫖了14天，轻度使用了6周，从难以驾驭到开发了第一个应用，算是我 Vibe Coding的启蒙软件。后来Cursor因为计费问题风评下降。刚好我的白嫖的三个号也已经到期，一直白嫖也不是办法，充钱又不太可能😂，就没再用啦。 【对于充钱方案的评价】代码能力：强使用成本：高（充钱）/低（白嫖）折腾成本：低（充钱）/高（白嫖，每14天要重新设置rules，MCP等）推荐指数：⭐️⭐️⭐️ Claude Code + GLM 4.5Claude Code + GLM 4.5是我使用的第二套 Vibe Coding组合，使用智...
【AI工具】Claude Code 安装和使用指南
Claude Code 是一个强大的命令行工具，允许开发者直接在终端中与 Claude AI 进行交互，并委托编程任务。 安装全局安装1npm install -g @anthropic-ai/claude-code 配置 GLM4.5 接入修改 ~/.bashrc 文件，添加以下环境变量： 1234export ANTHROPIC_BASE_URL=https://open.bigmodel.cn/api/anthropicexport ANTHROPIC_AUTH_TOKEN=e9b52fc2cc26478198ac676f708ee5b9.OmzYBLQdNJhX6WUJexport ANTHROPIC_MODEL=glm-4.5export ANTHROPIC_SMALL_FAST_MODEL=glm-4.5-air 参考文档：https://docs.bigmodel.cn/cn/guide/develop/claude 20250912补充，其实这些环境变量最好是放在文件~/.claude/settings.json中 基本用法常用命令 命令 功能描...
【LLM】ChatGPT 训练范式
Stage 1: PT(Continue PreTraining)，增量预训练 使用百科类文档类数据集，用来在领域数据集上增量预训练或二次预训练，期望能 把领域知识注入给模型 ，以医疗领域为例，希望增量预训练，能让模型理解感冒的症状、病因、治疗药品、治疗方法、药品疗效等知识，便于后续的SFT监督微调能激活这些内在知识。 这里说明一点，像GPT3、LLaMA这样的大模型理论上是可以从增量预训练中获益，但增量预训练需要满足两个要求：1）高质量的预训练样本；2）较大的计算资源，显存要求高，即使是用LoRA技术，也要满足block_size=1024或2048长度的文本加载到显存中。 其次，如果你的项目用到的数据是模型预训练中已经使用了的，如维基百科、ArXiv等LLaMA模型预训练用了的，则这些数据是没有必要再喂给LLaMA增量预训练，而且预训练样本的质量如果不够高，也可能会损害原模型的生成能力。 tips：PT阶段是可选项，请慎重处理。 训练数据集示例（相关领域的大段文本即可）：1传染病是指由病原微生物，如朊粒、病毒、衣原体、立克次体、支原体（mycoplasma)细菌真...
【Linux】Docker的使用
核心概念：容器、镜像与仓库 镜像 (Image): Docker 镜像打包了运行应用程序所需的一切，包括代码、函数库、环境变量和配置文件。 容器 (Container): 容器是镜像运行中的实例。如果将镜像视为面向对象编程中的“类 (Class)”，容器则是这个类的“对象 (Object)”。我们可以通过一个镜像创建任意数量的容器。每个容器都在一个隔离的环境中运行，拥有自己的文件系统、网络和进程空间，但它们共享主机的操作系统内核。这使得容器非常轻量且启动迅速。 仓库 (Registry): 镜像仓库是专门用来集中存放和分发 Docker 镜像的地方。最知名的公开仓库是 Docker Hub，它托管了海量的官方和用户分享的镜像。此外，还有许多国内的镜像仓库（或称为“镜像站”），它们可以提供更快的镜像下载速度。 Docker 安装与配置1. 一键安装可以参考 Docker 官方的示例：https://get.docker.com。 下载安装脚本1curl -fsSL https://get.docker.com -o install-docker.sh 执行安装脚本...
【开发工具】Linux安装JupyterLab
引言JupyterLab相对于jupyter notebook来说是用过之后就再也不想换回去的存在。Linux安装jupyter lab的过程如下 安装方法 pip安装 12pip install jupyterlab # 安装jupyterpip install jupyterlab-language-pack-zh-CN # 安装汉化包，需要自己选择语言 生成jupyterlab配置文件，路径为~/.jupyter/jupyter_lab_config.py 1jupyter lab --generate-config 创建并确认密码，会生成~/.jupyter/jupyter_server_config.json 1jupyter lab password 查看文件内容，如下图，复制password后的一串字符 1less ~/.jupyter/jupyter_server_config.json 修改配置文件 1vim ~/.jupyter/jupyter_lab_config.py 添加以下内容 12345678c.ServerApp.allow_remo...
【开发工具】通过 VS Code Tunnel远程登陆服务器
引言VS Code Tunnel 功能可以让我们通过安全隧道连接到远程机器 连接程Linux服务器：使用 Code CLI 命令1. 在远程机器安装 CLI 下载12curl -Lk 'https://code.visualstudio.com/sha/download?build=stable&os=cli-alpine-x64' --output vscode_cli.tar.gztar -xf vscode_cli.tar.gz 解压后直接是一个名为code的可执行程序 创建隧道1./code tunnel 首次运行时，会提示接受服务器许可条款，或者可以使用：1./code tunnel --accept-server-license-terms 安装为服务，这样就可以后台持续运行1234567# 需要先安装 D-Bus 服务sudo apt install dbus-user-session# 启动 D-Bus 服务systemctl --user enable dbus --now# 重启系统# 启动 code cli 服务./code t...